Les abris ayant choisi le 9mm Para comme munition d'arme de poing standard pour leurs forces armées, les missions autonomes se trouvent dotées d'armes de poing de calibres différents, et plus difficiles à trouver en surface.

Les PDW (Personal Defence Weapon), distribués avant la guerre aux militaires non combattants, sont les seuls pistolets-mitrailleurs disponibles pour les missions autonomes, car utilisant des munitions non standards.

Ces dernières ont donc peu de choix, si tant est que ces armes soient libres pour commencer.

Les armes lourdes utilisant une munition non standard sont très rarement confiées aux Missions Autonomes ; elles sont rares, dispendieuses en munitions et pourraient tomber dans de mauvaises mains.

La plupart d'entre elles sont des AA52, utilisées dans le dispositif de défense des stations isolées avec des munitions réalisées artisanalement sur site.

Quelques fusils-mitrailleurs Chatellerault, déclassés à la fin des années 1950 mais utilisant la même munition, ont été recupérés de vieux stocks et de musées pour équiper les équipes mobiles.

Les grenades sont confiées moins souvent aux missions exterieures, qui en compensation peuvent recevoir des bombes tubulaires artisanales très puissantes.